1998 wurde sie zur Professorin für Chorleitung an der Hochschule für Künste Bremen und der Universität Bremen berufen. Dort leitet sie den von ihr gegründeten Großen
Hochschulchor und den Kammerchor, mit dem sie 2006 beim 7. DCW in Kiel einen zweiten Preis in der Kategorie "Gemischte Chöre" errang.
Im Juni 2002 wurde ihr der Kulturpreis der Stadt Kiel verliehen.
2006 und 2007 brachte sie den Madrigalchor Kiel mit dem schwedischen Chormeister Eric Ericson zu einer intensiven Arbeitsphase zusammen.
Friederike Woebcken hat internationale Kontakte zu den skandinavischen und baltischen Ländern durch Konzerte, Seminare, Symposien und partnerschaftliche Begegnungen mit ausländischen Chören.
Seit 2009 ist Friederike Woebcken Mitglied des Musikrates vom DCV.
Eindrücke von dem Chorfestival chor@berlin im Januar 2011 können Sie hier gewinnen:
"Wann kommst du" - Kurzfilm von Thomas Grube: Link
Interview mit Friederike Woebcken zum Dirigierkurs: Link