Seit 1990 leitet sie den Madrigalchor Kiel. Mit diesem Ensemble hat sie sich weit über den norddeutschen Raum hinaus einen Namen gemacht durch CD-Einspielungen und eine internationale Konzerttätigkeit. Friederike Woebcken und der Madrigalchor Kiel unternahmen Gastspielreisen in zahlreiche Länder auf mehreren Kontinenten, darunter in die USA, nach Japan und Südafrika. Aufgrund der geografischen Nähe ergaben sich zahlreiche Konzertreisen in die skandinavischen Länder Dänemark, Schweden, Norwegen und Island.

Im Juni 2002 wurde ihr der Kulturpreis der Stadt Kiel verliehen.

Von 1996 bis 2000 führte sie mit Eric Ericson die Sommerkurse „Chordirigieren“ im Nordkolleg Rendsburg durch mit Konzerten im Rahmen des Schleswig-Holstein Musik Festivals. Mit dem Madrigalchor Kiel führt sie regelmäßig Dirigierkurse durch. Im Oktober 2022 erteilte sie im Zusammenhang mit einer Gastspielreise mit dem Madrigalchor Kiel eine Masterclass für Chorleitungsstudierende der Royal Academy of Music Aarhus.

1998 wurde Friederike Woebcken zur Professorin für Chorleitung an die Hochschule für Künste Bremen berufen. Dort gründete und leitete sie den Großen Hochschulchor und den Kammerchor. Mit diesem Ensemble nahm sie an Wettbewerben und Festivals teil: 2006 Deutscher Chorwettbewerb Kiel, 2011 Spanien (Tolosa), 2013 Israel (Jerusalem und Tel Aviv), 2015 Portugal (Lissabon und Porto), 2019 Italien (Salerno und Neapel). Mit ihrer Emeritierung endete 2020 ihre Lehrtätigkeit an der Hochschule für Künste Bremen.

Friederike Woebcken hat internationale Kontakte zu den skandinavischen und baltischen Ländern durch Konzerte, Seminare, Symposien und partnerschaftlichen Chorbegegnungen. Im Rahmen des Erasmus-Programms unterrichtete sie an verschiedenen Hochschulen, u.a. in Leipzig, Wien, Göteborg, Piteå und Lissabon. Sie ist national wie international als Jurorin tätig: So jurierte sie beim Deutschen Chorwettbewerb, beim Takarazuka Contest (Japan), beim Internationalen Chorwettbewerb für Kammerchöre in Tolosa (Spanien) und beim Cork Choral Festival (Irland).

Seit 2017 engagiert sie sich im künstlerischen Leitungsteam der jährlich stattfindenden international „Deutsch-Skandinavischen Musikwoche“ auf dem Scheersberg nahe der dänischen Grenze.

Die Brahms-Gesellschaft Schleswig-Holstein zeichnet Friederike Woebcken und den Madrigalchor Kiel mit dem Brahms-Preis 2023 aus.